Dana 1. lipnja 1993. miran život sestara narušio je rat u kojem nisu ni one bile pošteđene. Od neprijateljskih snaga samostan je bio zapaljen i prilično oštećen.
Na samom početku rata sestre su primile više od stotinu župljana u podrum samostana. Dok su se vodile borbe i uokolo padale granate, zajednički su sa svijetom upućivale Bogu molitve za spas našeg naroda i svih naroda cijele Bosne i Hercegovine. Podrum samostana bio je molitvena Crkva u malom. Sestre su imale čvrstu vjeru da će ih Isus spasiti kako je spasio i samostan sv. Damjana i grad Asiz od Saracena po molitvi sv. Majke Klare i njezinih sestara. Kad je samostan bio zapaljen, ni tada nisu pomišljale napustiti ga, nego su dobile još veću hrabrost ostati i nastaviti živjeti i dijeliti tešku ratnu zbilju sa svojim narodom te ga djelom i molitvom potpomagati da lakše podnese ratne nedaće.
